آثار رسیده به دبیرخانه جایزه بین المللی درنا در چهار مرحله ارزیابی و داوری می‌شوند.

در دو مرحله اول کمیته‌های داوری مقدماتی و کارشناسی مدارک و صلاحیت آثار را از نظر ویژگی‌ها و قوانین بررسی ودسته بندی کرده و در مرحله سوم آثار دارای صلاحیت را به مرحله بعدی داوری می‌فرستند.

در مرحله نهایی، در هر یک از حوزه‌های جایزه، یک گروه داوری هفت‌نفره از محققان و دانشمندان برجسته بین‌المللی، آثار نهایی را داوری و اثر برگزیده را انتخاب می‌کنند.